关于Ubantu上的git？？来救场啊大神们

Question

在ubantu中打开终端配置好ssh，然后clone自己在github上的仓库到/home，然后进去这个clone过来的仓库里面的一个文件夹新建了一个.c文件，然后在终端到达对应的.c所在的位置，然后git add xxx(文件名），接着再 git commit -m "XXX（文件名）"

最后git push origin master，至此完毕，到github上一看，.c所在的那个文件夹变成了两个，一个是原来的里面没有.c，另一个只有.c文件，这是什么鬼？？？？我要的是文件夹什么的都不变，只要同步我修改的代码文件本身就好啦！

感觉还是windows那个桌面版本好用啊，直接改，想怎么该怎么改，最后打开客户端直接点commit刷新就好了！！！

大神来救场！！！

小白玩不灵了。。。。。。。