在 R 3.6 上为 ubuntu Bionic Beaver 安装 rJava 时出现

Question

我有一个非常常见的问题，即 rJava 在 Ubuntu 上无法正确安装。这个问题已经在多个地方进行了讨论，这里，这里，这里，仅举几例。

基本问题是在安装 rJava 包时，会产生以下错误消息

configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.

Warning in system(cmd) : error in running command

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’

对于这个问题有多种密切相关的解决方案。其中大多数用于为 R （也是一个变体sudo R CMD javareconf）配置 Java 。有些人建议在环境变量中设置路径（另一些人则建议不要这样做）。其他人建议卸载并重新安装 R，而其他人则建议从 cran 安装 rJava。有几个人推荐。这些解决方案还有其他变体。-eJAVA_HOMEupdate alternatives

我已经尝试了上述所有方法的组合，但一无所获，所以我显然做错了什么。

输入echo $JAVA_HOME退货

/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64

我的等/环境看起来像这样

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$

MKL_THREADING_LAYER=GNU

JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"

当我运行 R CMD javaconf 时，它看起来像这样

Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/java

Java version     : 11.0.4

Java home path   : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64

Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac

Java headers gen.: /usr/bin/javah

Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 

detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux

detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm

gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o

gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR

我做错了什么以及如何正确安装 rJava？

Answer 1

我调查了原始海报（我们在同一个地方工作），问题是在 OpenJDK11 中，他们移动了.soJVM 所在的一些文件，特别libjvm.so是 Ubuntu 包中的文件现在位于/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/.这意味着，即使您安装适用于 rJava 的 Ubuntu 软件包，apt install r-cran-rjava当您尝试安装时也会失败library(rJava)。解决方案是通过添加/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/以下内容来添加$LD_LIBRARY_PATH：export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH到你的末尾~/.bashrc并开始一个新的shell（或source ~/.bashrc）。这是我们必须为 OpenJDK 的集中安装修复的问题，例如： https: //github.com/UCL-RITS/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#L46如果您想在从 Gnome 启动的 Rstudio 中使用此功能，则需要将该目录添加到ldconfig.As root（或 with sudo）创建一个文件，/etc/ld.so.conf.d/您应该在其中调用带有扩展名的内容.conf，例如java.conf包含以下行：/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server然后root运行ldconfig -v这应该将该目录添加到通过 GNOME 搜索启动的可执行文件的位置。问题的这个特定部分（GNOME 忽略 中的设置bashrc）至少自 9.04 以来一直是 Ubuntu 中的一个问题（https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/）。