如何在 python 中处理非常大的文件（13GB）而不崩溃？

Question

我必须在服务器（不是我的计算机）上处理这个非常大的文件。它运行 python 64 并拥有 24 GB RAM。文件本身大小约为 13GB，包含 2700 万行数据。考虑到服务器有相当大的规格，我确实尝试将整个服务器加载到 pandas，但它崩溃了。我尝试使用dask，但它仍然很慢。所以我将文件分成如下所示的块。

我的代码与下面的类似。我以块的形式加载文件，每个块有 100,000 行数据。然后它将处理每个块，并将其附加到现有文件中。我认为通过分块处理事物，它不会将数据存储在 RAM 中，但我认为它仍然如此。前几百次迭代运行良好，但在处理 8GB 数据后的某个时候，它就崩溃了。

chunksize= 100000

c = 0

for chunk in pd.read_csv(fname, chunksize=chunksize,sep='|',error_bad_lines=False):

    chunk['col1'] = chunk['col1'].apply(process1)

    chunk['col2'] = chunk['col2'].apply(process2)

    if c == 0:

        chunk.to_csv("result/result.csv", index=False)

    else:

        chunk.to_csv('result/result.csv', mode='a', header=False, index=False)

    if c%10==0:

        print(c)

        

    c+=1

通常，经过 160 次迭代（生成 8 GB 的 result.csv 文件）后，程序会停止并显示 .csv 文件MemoryError:。

老实说，我无权访问该服务器中的许多内容，因此，如果您想建议更改我无权访问的某些设置，那么我可能不能。但让我们看看我能做什么。提前致谢。

process1编辑：我将添加这里和这里发生的事情process2。

def process1(name):

    if type(name)==str:

        new_name = name[:3]+'*' * len(name[:-3])

    else:

        return name

    

    return new_name

def process2(number):

    if number !=np.nan:

        new_number = str(number)

        new_number = '*'*len(new_number)

        return new_number

    else:

        return number

Answer 1

循环的一般语法for是for target in expression:    do all the thingsPython 会将表达式计算为一个对象，只有当计算完成时，它才会将该对象分配给目标变量。这意味着任何已存在的对象在target其替换对象构建完成之前都不会被删除。除非创建的对象很大，否则这没什么大不了的。这里就是这种情况。创建新块时，即将删除的块位于内存中，这实际上使对内存的影响加倍。解决方案是在返回更多目标之前手动删除循环中的目标。for chunk in pd.read_csv(fname, chunksize=chunksize,sep='|',error_bad_lines=False):    chunk['col1'] = chunk['col1'].apply(process1)    chunk['col2'] = chunk['col2'].apply(process2)    if c == 0:        chunk.to_csv("result/result.csv", index=False)    else:        chunk.to_csv('result/result.csv', mode='a', header=False, index=False)    del chunk # destroy dataframe before next loop to conserve memory.        if c%10==0:        print(c)    c+=1