Pytest：使用使用另一个夹具作为输入的夹具参数化单元测试

Question

我是参数化和固定装置的新手，并且还在学习。我发现了一些使用间接参数化的帖子，但根据我的代码中的内容，我很难实现。我将不胜感激关于如何实现这一目标的任何想法。

我的 conftest.py 中有几个固定装置，它们为我的测试文件中的函数“get_fus_output()”提供输入文件。该函数处理输入并生成两个数据帧以在我的测试中进行比较。此外，我将根据共同值 ('Fus_id') 转租这两个 DF 以单独测试它们。所以这个函数的输出将是 [(Truth_df1, test_df1),(Truth_df2, test_df2)...] 只是为了参数化每个测试和真值 df 的测试。不幸的是，我无法在我的测试函数“test_annotation_match”中使用它，因为这个函数需要一个夹具。

我无法将夹具作为输入提供给另一个夹具进行参数化。是的，它在 pytest 中不受支持，但无法找出间接参数化的解决方法。

#fixtures from conftest.py

@pytest.fixture(scope="session")

def test_input_df(fixture_path):

    fus_bkpt_file = os.path.join(fixture_path, 'test_bkpt.tsv')

    test_input_df= pd.read_csv(fus_bkpt_file, sep='\t')

    return test_input_df

@pytest.fixture

def test_truth_df(fixture_path):

    test_fus_out_file = os.path.join(fixture_path, 'test_expected_output.tsv')

    test_truth_df = pd.read_csv(test_fus_out_file, sep='\t')

    return test_truth_df

@pytest.fixture

def res_path():

    return utils.get_res_path()

#test script

@pytest.fixture

def get_fus_output(test_input_df, test_truth_df, res_path):

    param_list = []

    # get output from script

    script_out = ex_annot.run(test_input_df, res_path)

    for index, row in test_input_df.iterrows():

        fus_id = row['Fus_id']

         param_list.append((get_frame(test_truth_df, fus_id), get_frame(script_out, fus_id)))

    

    # param_list eg : [(Truth_df1, test_df1),(Truth_df2, test_df2)...]

    print(param_list)

    return param_list

@pytest.mark.parametrize("get_fus_output", [test_input_df, test_truth_df, res_path], indirect=True)

def test_annotation_match(get_fus_output):

    test, expected = get_fusion_output

    assert_frame_equal(test, expected, check_dtype=False, check_like=True)

Answer 1

我不是 100% 确定我理解你在这里试图做什么，但我认为你对参数化和固定装置作用的理解是不正确的。看起来您正在尝试使用固定装置为您的测试创建参数列表，这并不是真正正确的方法（而且您这样做的方式肯定行不通，正如您所看到的） .为了全面解释如何解决这个问题，首先，让我介绍一下参数化和固定装置的使用背景。参数化我不认为这里有任何新内容，只是为了确保我们在同一页面上：通常，在 Pytest 中，一个test_*函数就是一个测试用例：def test_square():    assert square(3) == 9如果你想做相同的测试但使用不同的数据，你可以编写单独的测试：def test_square_pos():    assert square(3) == 9def test_square_frac():    assert square(0.5) == 0.25def test_square_zero():    assert square(0) == 0def test_square_neg():    assert square(-3) == 9这不是很好，因为它违反了DRY原则。参数化是解决这个问题的方法。您可以通过提供测试参数列表将一个测试用例变成多个：@pytest.mark.parametrize('test_input,expected',                         [(3, 9), (0.5, 0.25), (0, 0), (-3, 9)])def test_square(test_input, expected):    assert square(test_input) == expected固定装置Fixture 也与DRY代码有关，但方式不同。假设您正在编写一个 Web 应用程序。您可能有多个测试需要连接到数据库。您可以向每个测试添加相同的代码以打开和设置测试数据库，但这肯定是在重复您自己。比方说，如果您切换数据库，则需要更新大量测试代码。夹具是允许您进行一些可用于多个测试的设置（以及可能的拆卸）的功能：@pytest.fixturedef db_connection():    # Open a temporary database in memory    db = sqlite3.connect(':memory:')    # Create a table of test orders to use    db.execute('CREATE TABLE orders (id, customer, item)')    db.executemany('INSERT INTO orders (id, customer, item) VALUES (?, ?, ?)',                   [(1, 'Max', 'Pens'),                    (2, 'Rachel', 'Binders'),                    (3, 'Max', 'White out'),                    (4, 'Alice', 'Highlighters')])    return db      def test_get_orders_by_name(db_connection):    orders = get_orders_by_name(db_connection, 'Max')    assert orders = [(1, 'Max', 'Pens'),                     (3, 'Max', 'White out')]def test_get_orders_by_name_nonexistent(db_connection):    orders = get_orders_by_name(db_connection, 'John')    assert orders = []修正你的代码好的，在了解了背景知识后，让我们深入研究您的代码。第一个问题是你的@pytest.mark.parametrize装饰器：@pytest.mark.parametrize("get_fus_output", [test_input_df, test_truth_df, res_path], indirect=True)这不是使用indirect. 就像测试可以参数化一样，夹具也可以参数化。从文档中看不是很清楚（在我看来），但这indirect只是参数化固定装置的另一种方法。这与在另一个 fixture 中使用 fixture完全不同，这正是您想要的。事实上，要get_fus_output使用test_input_df、test_truth_df和fixtures，您根本res_path不需要这条线。通常，如果没有以其他方式使用（例如，由装饰器），@pytest.mark.parametrize测试函数或夹具的任何参数都会自动假定为夹具。@pytest.mark.parametrize所以，你现有的@pytest.mark.parametrize并没有按照你的期望去做。那么你如何参数化你的测试呢？这会遇到更大的问题：您正在尝试使用get_fus_output夹具为 . 创建参数test_annotation_match。这不是你可以用夹具做的事情。Pytest运行时，首先收集所有的测试用例，然后一个一个运行。测试参数必须在收集阶段准备就绪，但 fixture 直到测试阶段才会运行。夹具内的代码无法帮助进行参数化。您仍然可以通过编程方式生成参数，但固定装置不是这样做的方法。你需要做几件事：首先，将get_fus_output夹具转换为常规函数。这意味着删除@pytest.fixture装饰器，但您还必须更新它以不使用test_input_df test_truth_df, 和res_path固定装置。（如果没有其他东西需要它们作为固定装置，您可以将它们全部转换为常规函数，在这种情况下，您可能希望将它们放在它们自己的模块之外，或者只是将它们移动到同一个测试脚本中。conftest.py）然后，@pytest.mark.parametrize需要使用该函数来获取参数列表：@pytest.mark.parametrize("expected,test", get_fus_output())def test_annotation_match(expected, test):    assert_frame_equal(test, expected, check_dtype=False, check_like=True)