使用 python 运行 blast 时，“blastp”未被识别为内部或外部命令错误

Question

我想创建一个新列，它是每个 TimePeriodId 的“BillType”列中“IN”和“SA”的生命总和。这样，我将为单个 TimePeriodId 设置一个“总生命数”条目。我已经浏览了很多文档，但无法弄清楚在这种情况下我会怎么做。

代码示例：

sa = pd.read_sql(sa_q1, sql_conn)

#convert TimePeriodId to string values

sa['TimePeriodId'] = sa['TimePeriodId'].astype(str)

sa = sa.loc[(sa['BillType'] =='SA') | (sa['BillType']=='IN')]#.drop(['BillType'], axis = 1)

sa.head(10).to_dict()

#the last line returns the following:

{'TimePeriodId': {1: '201811',

  2: '201811',

  4: '201812',

  5: '201812',

  9: '201901',

  11: '201901',

  13: '201902',

  14: '201902',

  17: '201903',

  18: '201903'},

 'BillType': {1: 'IN',

  2: 'SA',

  4: 'IN',

  5: 'SA',

  9: 'SA',

  11: 'IN',

  13: 'IN',

  14: 'SA',

  17: 'IN',

  18: 'SA'},

 'Lives': {1: 1067,

  2: 288028,

  4: 1058,

  5: 287501,

  9: 293560,

  11: 1068,

  13: 1089,

  14: 278850,

  17: 1076,

  18: 276961}}

任何帮助，将不胜感激！

Answer 1

首先找到您的可执行文件的安装位置blastp，并将其作为参数提供给NcbiblastpCommandline.from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandlineblastp_path = r"C:\path\to\blastp.exe"result = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\result.xml" q = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)如果你现在这样做，print(blastp_cline)它应该打印出将要运行的完整命令。通过复制/粘贴此输出并从命令行运行它来仔细检查它是否有效。如果可行，那么stdout, stderr = blastp_cline()也应该工作。