用于图像配准的 SimpleITK。写作问题

Question

我已经从源代码安装了 Python3 上的 SimpleITK 包。当我执行提供的注册示例时：

#!/usr/bin/env python    

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from __future__ import print_function

import SimpleITK as sitk

import sys

import os

def command_iteration(method) :

    print("{0:3} = {1:10.5f} : {2}".format(method.GetOptimizerIteration(),

                               method.GetMetricValue(),

                               method.GetOptimizerPosition()))

if len ( sys.argv ) < 4:

    print( "Usage: {0} <fixedImageFilter> <movingImageFile>             

    <outputTransformFile>".format(sys.argv[0]))

    sys.exit ( 1 )

fixed = sitk.ReadImage(sys.argv[1], sitk.sitkFloat32)

moving = sitk.ReadImage(sys.argv[2], sitk.sitkFloat32)

R = sitk.ImageRegistrationMethod()

R.SetMetricAsMeanSquares()

R.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(4.0, .01, 200 )

R.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed.GetDimension()))

R.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)

R.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(R) )

在写入图像并触发以下错误之前，执行Python ImageRegistrationMethod1.py image_ref.tif 

image_moving.tif res.tif似乎运行良好：res.tif

Answer 1

运行 ImageRegistrationMethod1 示例的结果是一个转换。SimpleITK 支持多种文件格式进行转换，包括文本文件 (.txt)、Matlab 文件 (.mat) 和 HDF5Tranform (.hdf5)。这不包括 .tif 文件，这是一个图像文件，而不是转换。您可以在 SimpleITK IO 页面的转换部分阅读更多相关信息：https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/IO.html#transformations在这个例子中，产生的变换是一个 3-d 平移。因此，如果您选择了 .txt 文件输出，您可以在参数行中看到 X、Y 和 Z 翻译。

Answer 2

如果你想写 dicom 作为文件输出，请试试这个。writer.SetFileName(os.path.join('transformed.dcm')) writer.Execute(cimg)