Jupyter Notebook io.字符串IO作为输出

Question

输入

Blast_aa_mc = qblast("blastp","nr", aa_mc[2])

Blast_aa_mc

输出

<_io.StringIO at 0x12a1a48>

什么是_io。字符串？这是什么意思？我所期待的是某种字符串或数组。有没有更好的方法来做到这一点？

Answer 1

字符串IO是标准库中来自蟒蛇的io模块的类。从本质上讲，StringIO 对象的行为类似于 Python 文件对象，它不存储在磁盘上，而是保存在内存中。让我们看一个简单的例子：f = io.StringIO("Some initial\ntext data.")如果将其打印出来，则会得到与您的结果类似的结果：print(f)>> <_io.StringIO object at 0x7f4530264a68>如何处理这个问题？好吧，几乎任何你可以用文件对象做的事情，你可以用一个StringIO对象来做。例如，要获取 f 中所有行的列表：&nbsp; &nbsp; content = f.readlines()&nbsp; &nbsp; print(content)&nbsp; &nbsp; >> ['Some initial\n', 'text data.']要获取包含所有内容的单个字符串，请执行以下操作：print(''.join(content))>> 'Some initialtext data.'请注意，您只能调用一次读行 - 就像文件一样。对读行的第二次调用将返回一个空列表。

Answer 2

您可以解析通过模块返回的结果句柄，例如qblast()Bio.SearchIOfrom Bio import SearchIOfrom Bio.Blast import NCBIWWWBlast_aa_mc = NCBIWWW.qblast("blastp","nr", aa_mc[2])blast_qresult = SearchIO.read(Blast_aa_mc, "blast-xml")print(blast_qresult)我最近的《生物间谍节》笔记本教程中对此进行了介绍。对于多个结果，请使用（环绕它以在内存中创建列表）SearchIO.parse(Blast_aa_mc, "blast-xml")list()