如何将所有生成的排列保存到 Numpy 数组中？

Question

我想生成所有生成的排列并将 itertools.product() 保存到一个数组中。目前，我正在尝试获取字符“ACGT”的所有长度为 2 的排列。当我尝试使用 numpy.asarray() 时，仅保存最终排列 (['T', 'T'])，我认为这是因为每次在数组中都会覆盖该条目。我试过以下，

import itertools as it

import numpy as np

for x in it.product('ACGT', repeat=2):

    array = np.asarray(x)

print(array)

['T', 'T']

后来我想为更大的“单词”长度做这个，但是当我只期望 16 个结果时更容易测试。如果我使用的是 R，我会创建一个空向量并按顺序添加到向量中……但是，我仍在尝试掌握 Python 的窍门……请指教！

Answer 1

这不起作用的原因是因为您为该结果创建了一个it.product(..)数组。不是为了整个结果。您可以使用以下方法创建这样的矩阵：np.array(list(it.product('ACGT', repeat=2)))或与meshgrid：dna = np.array(list('ACGT'))np.transpose(np.meshgrid(dna, dna)).reshape(-1,2)两者都产生一个如下所示的数组：array([['A', 'A'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['A', 'C'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['A', 'G'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['A', 'T'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['C', 'A'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['C', 'C'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['C', 'G'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['C', 'T'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['G', 'A'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['G', 'C'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['G', 'G'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['G', 'T'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['T', 'A'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['T', 'C'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['T', 'G'],&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;['T', 'T']], dtype='<U1')