按顺序导入图像数据集

Question

我正在尝试按顺序导入 3D 图像并将识别标签链接到每个文件夹。目前我有代码可以为 dicom 文件执行此操作，但我也在尝试使用 .tiff 图像文件：

data_dir = "\\tiff\\"

patients =  os.listdir(data_dir)

labels_df = pd.read_csv('\\tiff_labels.csv', index_col = 0)

IMG_PX_SIZE = 50

HM_SLICES = 20

def process_data(patient, labels_df, image_px_size = 50, hm_slices = 20, visualize = False):

    label = labels_df.at[patient, 'label']

    path = data_dir + patient

    slices = [pydicom.read_file(path + '/' + s, force = True) for s in os.listdir(path)]

    slices.sort(key = lambda x: int(x.ImagePositionPatient[2]))

我尝试将第 9 行和第 10 行更改为：

slices = [cv2.imread(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]

slices.sort()

我发现的问题在第 10 行：key = lambda x: int(x.ImagePositionPatient[2])。ImagePositionPatient 是 dicoms 独有的东西，无法找到用另一种方式对图像进行排序的方法。

我收到错误：

Traceback (most recent call last):

  File "preprocessing_data.py", line 83, in <module>

    image_data, label = process_data(patient, labels_df, image_px_size = IMG_PX_SIZE, hm_slices = HM_SLICES)

  File "preprocessing_data.py", line 28, in process_data

    slices.sort()

ValueError: The truth value of an array with more than one element is ambiguous. Use a.any() or a.all()

Answer 1

如果您尝试对 numpy 数组列表进行排序，请尝试以下操作：slices.sort(key=len)

Answer 2

我看到的问题是slices&nbsp;=&nbsp;[cv2.imread(path&nbsp;+&nbsp;'/'&nbsp;+&nbsp;s)&nbsp;for&nbsp;s&nbsp;in&nbsp;os.listdir(path)]创建一个仅包含图像数据的数组列表，没有可用于排序的有意义的信息。如果你想按文件名排序，你可以这样做：slices&nbsp;=&nbsp;[[s,cv2.imread(path&nbsp;+&nbsp;'/'&nbsp;+&nbsp;s)]&nbsp;for&nbsp;s&nbsp;in&nbsp;os.listdir(path)]它为您读取的每个文件创建一个包含 2 个条目的列表，第一个条目是文件名，第二个条目是图像数据。然后slices.sort()开箱即用。但是您必须索引这两个列表才能获取图像数据。例如，要访问第 5 个图像，将是slices[5][1].