如何在找到值后立即跳过字符串搜索到索引？Python

Question

我的程序现在有两个功能。

get_orf(dna)它需要一个名为 dna 的字符串作为输入。如果字符串以起始密码子“ATG”开头，则以get_orf3 的倍数搜索任何终止密码子。

如果找到其中之一，则返回 ORF（'ATG' 和直到终止密码子的序列）。

orf_List = []

stopCodons = ["TAG", "TAA", "TGA"]

def get_orf(dna):

    #checks to see if the first three amino acids are ATG

    if dna[:3] == "ATG":

        #if the first three are amino acids, 

        #it checks the dna string in multiples of 3 uisng the range fucntion

        for k in range(0, len(dna), 3):

            #checking for stop codons in the dna string

            if any(s in dna[k:k+3] for s in stopCodons):

                #if a stop codon is found, it returns it

                return dna[0:k]

        #prints No Orf if there are no stop codons found

        else:

            print("No ORF.")

    #prints No Orf if the dna does not start with ATG

    else:

        print("No ATG IN BEGINNING.")

并且one_frame(dna)采用一个DNA串作为输入。

one_frame以三的倍数从左到右搜索该字符串。当它遇到一个起始密码子“ATG”时，它会调用get_orf从该起始密码子开始（直到结束）的字符串片段以返回一个 ORF。该 ORF 被添加到一个 ORF 列表中，然后该函数在DNA 串到我们刚找到的 ORF 之后的点，并开始寻找下一个 ORF。重复这个过程，直到我们遍历了整个 DNA 串。

def one_frame(dna):

    i = 0

    while i < len(dna):

        for i in range(0, len(dna), 3):

            if "ATG" in dna[i:i+3]:

                newOrf = get_orf(dna[i:])

                orf_List.append(newOrf)

            #i don't know how to skip ahead

    print(orf_List) 

    return(orf_List)

当我调用 时one_frame("ATGCCCATGCCCCCCTAG")，我无法弄清楚如何向前跳到找到的 ORF 的最后一个索引，以便我可以继续我的搜索。有什么帮助吗？

使用此代码，它会打印出“ATGCCCATGCCCCCCTAG”和“ATGCCCCCCTAG”。较小的不应打印，因为它在较大的内部。

Answer 1

我建议您摆脱for循环one_frame并将其实现为while循环（看起来您已经尝试过）。然后您可以手动控制i值并将找到的 ORF 的长度添加到它以向前跳过。def one_frame(dna):&nbsp; &nbsp; orf_list = []&nbsp; &nbsp; i = 0&nbsp; &nbsp; while i < len(dna):&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if "ATG" == dna[i:i+3]:&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; new_orf = get_orf(dna[i:])&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if new_orf:&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; orf_list.append(new_orf)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; i += len(new_orf)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; continue&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; i += 3&nbsp; &nbsp; print(orf_list)&nbsp; &nbsp; return(orf_list)