将 DICOM 图像保存为无损 JPEG

Question

我的原始图像是 DICOM 格式，我想以无损 jpg 格式保存它（或至少保留尽可能多的信息！！！）。我怎么能在python中做到这一点？目前，我正在使用以下代码生成有损 png 图像。我称之为有损 png，因为当我通过 dicom 浏览器看到 dicom 图像时，png 图像看起来与 dicom 图像不同。另外，如何修改此图像以获取 jpg 图像而不是 png 图像。

import numpy as np

import png

import pydicom

ds = pydicom.dcmread("./MyImage.dcm")

shape = ds.pixel_array.shape

# Convert to float to avoid overflow or underflow losses.

image_2d = ds.pixel_array.astype(float)

# Rescaling grey scale between 0-255

image_2d_scaled = (np.maximum(image_2d,0) / image_2d.max()) * 256

# Convert to uint

image_2d_scaled = np.uint8(image_2d_scaled)

# Write the PNG file

with open("out.png", 'wb') as png_file:

    w = png.Writer(shape[1], shape[0], greyscale=True)

    w.write(png_file, image_2d_scaled)

Answer 1

还有另一种使用 OpenCV 和 pydicom 库将 Dicom 图像转换为 JPEG 或 PNG 格式的有效方法。下面的代码在一次运行中将所有 dicom 图像集转换为 jpeg/png（使用 for 循环）。import pydicom as dicomimport osimport cv2# make it True if you want in PNG formatPNG = False# Specify the .dcm folder pathfolder_path = "/Image"# Specify the output .jpg/png folder pathjpg_folder_path = "/JPGImage"images_path = os.listdir(folder_path)for n, image in enumerate(sorted(images_path)):    print(os.path.join(folder_path, image))    ds = dicom.dcmread(os.path.join(folder_path, image), force=True)    ds.file_meta.TransferSyntaxUID = dicom.uid.ImplicitVRLittleEndian    pixel_array_numpy = ds.pixel_array    if PNG == False:        image = image.replace('.dcm', '.jpg')    else:        image = image.replace('.dcm', '.png')    pixel_array_numpy2 = cv2.flip(pixel_array_numpy, 0)    cv2.imwrite(os.path.join(jpg_folder_path, image), pixel_array_numpy2)

Answer 2

丢失信息的问题取决于像素深度，而不是图像压缩。您的 DICOM 图像可能每像素大约 11 位（从 -1024 到 1023），甚至可能更多。您无需设置强度窗口即可将其转换为 8 位图像。这意味着值 -1024 的原始像素变为黑色，+1023 的像素变为白色，但图像最重要的部分，从 -100 到 +300 左右变为平均灰色。如果你对肺感兴趣，那么重要的值就低，如果你想看到骨头，那么它们就更高等等。最重要的是，你不能在单个 png/jpg/bmp 图像上看到 DICOM 图像的所有部分。您需要一个特殊的查看器，它允许设置灰度级。可以处理全像素深度的最常见的非医学格式是 TIFF，但您仍然需要一个特殊的查看器。