如何使用rpy2中的生物导体？

Question

我正在尝试使用rpy2中的生物导体（特别是seqLogo）。我找到了有用的软件包：

http://pythonhosted.org/rpy2-bioconductor-extensions/index.html

但是，当我从软件包的文档中尝试此操作时：

import rpy2.robjects as robjects

from rpy2.robjects.packages import importr

base = importr('base')

# evaluate locally a remote R script

base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

base.require("biocLite")

bioclite = robjects.globalenv['biocLite']

我得到了错误

  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.6-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/environments.py", line 17, in __getitem__

    res = super(Environment, self).__getitem__(item)

LookupError: 'biocLite' not found

在我的系统上的R环境中，以下功能可以完美运行：

> require(seqLogo)

我想使用seqLogorpy2中已经安装的软件包。如何才能做到这一点？因为我已经安装了rpy2，所以我可以这样做：

>>> import bioc

但不确定如何从中安装新的生物导体软件包，如seqLogo bioc。

如果我尝试：

importr("seqLogo")

我得到了错误：

rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘seqLogo’

谢谢。

Answer 1

这意味着链接到的R安装rpy2与尝试使用R代码的一个用户不同（尽管我们不知道这是否是有意的）。如果运行上面的代码，它将在系统上的任何R安装rpy2中安装seqLogo [注：我在答案中的Python代码中编辑了注释，以使您清楚地知道仅应在第一次安装该软件包]。