全部。我有一个csv文件,其中整理了我发出的DNA样品ID,并在96孔板中进行了测序。这对保持跟踪很重要,因为当我们从测序设备取回板时,色谱图文件的标题很简单,例如5-3-13-G-Templates_A01_Primer-G.ab1。
csv是制表符分隔的,看起来像这样:(96孔,12列[1-12],8行[AH]):
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
A01 A02 A03 A04 A05_Grammatophyllum_scriptum_ITS1 A06_Eulophia_euglossa_ITS1 A07_Grammatophyllum_scriptum_17SE A08_Graphorkis_lurida_X502F A09_Cymbidium_kanran_X502F A10_Claderia_viridiflora_X502F A11_Grammatophyllum_scriptum_X502F A12_Eulophia_euglossa_X502F
B01 B02 B03 B04 B05_Grammatophyllum_scriptum_ITS4 B06_Eulophia_euglossa_ITS4 B07_Grammatophyllum_scriptum_1229R B08_Graphorkis_lurida_X1599R B09_Cymbidium_kanran_X1599R B10_Claderia_viridiflora_X1599R B11_Grammatophyllum_scriptum_X1599R B12_Eulophia_euglossa_X1599R
C01 C02 C03 C04 C05_Acriopsis_ridleyi_ITS1 C06_Cyrtopodium_polyphyllum_ITS1 C07_Cyrtopodium_polyphyllum_17SE C08_Graphorkis_scripta_X502F C09_Dipodium_conduplicatum_X502F C10_Dipodium_5431_X502F C11_Cyrtopodium_polyphyllum_X502F C12_Oeceoclades_gracillima_X502F
我没有花时间每次手动取回印版来重命名96个文件,而是尝试获取我已经预先准备好的该文件,以指导我加载印版,所以我不会拧紧它(错误的孔中有错误的DNA),通过前缀标识位置(例如A06 ... H06),将其与目录中的文件名匹配,因为它们共享相同的单元格位置,因此脚本将遍历整个csv文件,并以以下格式重命名所有文件:5-3-13-G-Templates_A06_Primer-G.ab1将变为A06_Eulophia_euglossa_ITS1.ab1
我已经编写了Python脚本的一部分,但是在设想下一步时遇到了困难:
import csv
data = csv.DictReader(open('Template.csv', 'rU'), delimiter='\t')
for row in data:
values = row.values()
values.sort()
#Provides values by row in order from left to right
这就是我卡住的地方。有了这些列表,我接下来该怎么办?对于循环?我在设想解决方案时遇到问题。
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