使用带有knitr的循环来生成多个pdf报告…需要一点帮助，以帮助我克服麻烦
首先，我必须承认，我很新的knitr和重现性分析的概念，但我可以看到在提高我当前的工作流程（其中包括很多的复制粘贴到Word文档）它的潜力。
我经常用组（医院在本例中），以产生多个报告和每家医院内，可能会有许多不同的病房说我汇报的结果。以前我使用循环跑了我所有的情节和分析在R，然后复制/粘贴工作开始; 但是，在阅读了这篇文章（Sweave可以自动产生许多pdf吗？）之后，它给了我希望，我实际上可以跳过很多步骤，直接从R直接通过Rnw / knitr报告。
但是，尝试一下之后，我发现有些东西还没有完全解决（因为Rnw中的R环境似乎无法识别我要传递给它的循环变量？）。
## make my data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
## Here is my current work flow-- produce all plots, but export as png and cut/paste
for(hosp in unique(df$Hospital)){
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
for(ward in unique(subgroup$Ward)){
subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
savename <- paste(hosp, ward)
plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
}
}
# followed by much copy/pasting
## Here is what I'm trying to go for using knitr
library(knitr)
for (hosp in unique(df$Hospital)){
knit("C:file.path\\testing_loops.Rnw", output=paste('report_', Hospital, '.tex', sep=""))
}
## With the following *Rnw file
## start *.Rnw Code
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
@
\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))
@
Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}
想经营我的编织（）的代码块后，我得到这个错误：
Error in file(con, "w") : invalid 'description' argument
当我看着在* .tex文件是要创建的目录，我可以看到从医院A中的2个PDF地块被生产（无为B），并没有医院具体* .tex文件编织成PDF。预先感谢您可以提供任何帮助！
拉莫斯之舞3回答
-
收到一只叮咚
您不需要重新定义.Rnw文件中的数据，并且我认为警告来自于以下事实：将输出名称与Hospital（医院的完整向量）而不是hosp（循环索引）放在一起。继你的榜样，testingloops.Rnw是\documentclass[10pt]{article}\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]@\begin{document}<<setup, echo=FALSE >>= opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))@Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}<<plots, echo=FALSE >>= for(ward in unique(subgroup$Ward)){ subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,] # subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),] savename <- paste(hosp, ward) plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename)) }@\end{document}而驱动程序R文件将仅仅是## make my dataHospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)Month <- rep(seq(1:10), 4)Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)## knitr looplibrary("knitr")for (hosp in unique(df$Hospital)){ knit2pdf("testingloops.Rnw", output=paste0('report_', hosp, '.tex'))} -
慕田峪9158850
好问题！这对我来说与您在问题中提供的其他内容一起起作用。请注意，我已将您替换hosp为just x。我叫你的Rnw文件test.rnw# input dataHospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)Month <- rep(seq(1:10), 4)Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)# generate the tex files, one for each hospital in dflibrary(knitr)lapply(unique(df$Hospital), function(x) knit("C:\\emacs\\test.rnw", output=paste('report_', x, '.tex', sep="")))# generate PDFs from the tex files, one for each hospital in dflapply(unique(df$Hospital), function(x) tools::texi2pdf(paste0("C:\\emacs\\", paste0('report_', x, '.tex')), clean = TRUE, quiet = TRUE))我已经更换了你的循环lapply和匿名函数，这似乎往往被认为更R-ish。在这里你能看到我更换了hosp与x中rnw文件：\documentclass[10pt]{article}\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>= Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)Month <- rep(seq(1:10), 4)Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)subgroup <- df[ df$Hospital == x,]@\begin{document}<<setup, echo=FALSE >>= opts_chunk$set(fig.path = paste("test", x , sep=""))@Some informative text about hospital \Sexpr{x}<<plots, echo=FALSE >>= for(ward in unique(subgroup$Ward)){ subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,] # subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),] savename <- paste(x, ward) plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename)) }@\end{document}结果是两个TEX文件（report_A.tex，report_B.tex），四个PDF文件的数字（A1，A2，B1，B2）和用于报告2页的PDF（report_A.pdf，report_B.pdf），每个具有其数字在他们之中。那是你的追求吗？ -
尚方宝剑之说
在这个答案中，我打算回答一个更笼统的问题：“使用循环生成多个pdf报告”，而不是您的特定示例。这是因为作为菜鸟很难遵循这种趋势。我设法使其最终能够工作（html版本），所以这是我的谦虚解决方案。这里可能出版了一些更好的书，我只是还不完全了解它们。使用您的设计创建RMD文件，并将其保存在working \ input目录中（在Rstudio中：file-> newfile-> R markdown）。该文件应包括在报告中绘制图表所需的所有功能（只需在这些代码块之一中声明它们）。认为此文件作为模板所有报告的。不必担心在更早地将数据整理好之后将数据传递到环境中的问题-我将在（2）中进行介绍。要理解的关键问题是所有计算都在管道的更深处完成（在呈现RMD文件的那一刻）。在不同的控制r文件中创建您需要使用的循环。在我的情况下，有一个循环遍历目录中的所有文件，并将它们放入数据帧。然后我想将这些数据框以及其他数据变量传递到RMD中，以便绘制它们。这是如何完成的：run_on_all<-function(path_in="path:\\where\\your\\input\\and\\RMD\\is", path_out="path:\\where\\your\\output\\will\\be") setwd(path_in) ibrary(rmarkdown) library(knitr) list_of_file_names=list.files(path = getwd, pattern = "*.csv") #this gets a list of the input files names for (file_name in list_of_file_names) { data=read.csv(file_name) #read file into data frame report_name=paste(some_variable_name,".html",sep="") render("your_template.Rmd",output_file =report_name,output_dir =path_out,list(data,all other parameters you want to input into the RMD))} }最重要的命令是render函数调用。它允许您将所需的任何参数放入RMD环境。它还允许您更改报告的名称并更改输出位置。此外，通过调用它，您还可以生成报告，因此可以将其全部收集在一行中。（请注意，如果对RMD的调用在一个函数中，则可能会发现输入的变量丢失了，但是报告会仍然可以正确发布）摘要您需要两个文件-RMD文件，它将是所有其他报告的模板和一个控制文件。控制文件将获取数据，将其修改，然后将修改后的参数传递给RMD（通过render函数）。RMD获取数据，进行一些计算，将其绘制并发布到新文件中（也通过render函数）。希望我能帮上忙。
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