错误：C堆栈使用率太接近极限

Question

错误：C堆栈使用率太接近极限

我试图在R中运行一些相当深的递归代码，它不断给我这个错误：

错误：C堆栈使用率太接近极限

我的输出CStack_info()是：

Cstack_info()
    size    current  direction eval_depth 
67108864       8120          1          2

我的机器上有足够的内存，我只想弄清楚如何增加R的CStack。

编辑：有人要求一个可重复的例子。这是导致问题的一些基本示例代码。运行f（1,1）几次就会出现错误。请注意，我已经设置了--max-ppsize = 500000和options（表达式= 500000），所以如果你没有设置它们，你可能会得到关于这两件事之一的错误。正如你所看到的，递归可以在这里非常深入，我不知道如何让它一致地工作。谢谢。

f <- function(root=1,lambda=1) {
    x <- c(0,1);
    prob <- c(1/(lambda+1),lambda/(lambda+1));
        repeat {
      if(root == 0) {
        break;
      }
      else {
        child <- sample(x,2,replace=TRUE,prob);
        if(child[1] == 0 && child[2] == 0) {
          break;
        }
        if(child[1] == 1) {
          child[1] <- f(root=child[1],lambda);
        }
        if(child[2] == 1 && child[1] == 0) {
          child[2] <- f(root=child[2],lambda);
        }
      }
      if(child[1] == 0 && child[2] == 0) {
        break;
      }
      if(child[1] == 1 || child[2] == 1) {
        root <- sample(x,1,replace=TRUE,prob);
      }
        }
    return(root)}

Answer 1

堆栈大小是一个操作系统参数，可按进程调整（请参阅参考资料setrlimit(2)）。据我所知，您无法在R内调整它，但您可以在启动R之前使用ulimit命令从shell调整它。它的工作原理如下：$ ulimit -s # print default8192$ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'    size  83886088388608 = 1024 * 8192; R打印的值相同ulimit -s，但以字节为单位而不是千字节。$ ulimit -s 16384 # enlarge stack limit to 16 megs$ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'     size  16777216要对此设置进行永久性调整，请将ulimit命令添加到shell启动文件中，以便每次登录时都执行该命令。我无法给出更具体的指示，因为它取决于您拥有的shell和内容。我也不知道如何登录图形环境（如果你没有在终端窗口中运行R，这将是相关的）。

Answer 2

我怀疑，无论堆栈限制如何，你最终都会得到太深的递归。例如，使用lambda = Inf，f（1）会无限期地导致立即递归。递归的深度似乎是随机游走，有一些概率r更深，1-r完成当前递归。当你达到堆栈限制时，你已经做了很多“更深层次”的步骤。这意味着r> 1/2，并且绝大多数时间你只会继续递归。而且，即使在无限递归的情况下，似乎几乎可以推导出解析或至少数值解。可以将p定义为f（1）== 1的概率，在单次迭代后写入“子”状态的隐式表达式，并将它们与p等同，并求解。然后，p可以用作从二项分布中单次绘制成功的机会。

Answer 3

这种情况发生在我身上的原因完全不同。我在组合两列时偶然创建了一个超长字符串：output_table_subset = mutate(big_data_frame,      combined_table = paste0(first_part, second_part, col = "_"))代替output_table_subset = mutate(big_data_frame,      combined_table = paste0(first_part, second_part, sep = "_"))让我永远想弄清楚，因为我从来没有想到粘贴会导致问题。