RStudio/R“升级”到OSX Yosemite后的RJava加载错误

Question

RStudio/R“升级”到OSX Yosemite后的RJava加载错误

我最近“升级”了从OSX山狮到约塞米蒂和R 3.1.3到3.2。升级后，当我打开R或RStudio时，立即收到一条弹出消息，说我需要安装Java 6。rJava或依赖于rJava的任何包(例如，xlsx)导致RStudio崩溃(当我尝试打开它时，R也崩溃了R.app直接)。

在尝试了在Stack溢出和其他地方找到的一些修复后(下面有更多的详细信息)，我到了一个加载点rJava或任何依赖于rJava不再导致R崩溃，但会导致以下错误：

library(rJava)Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib  
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so  Reason: image not foundError:
   package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用R，然后加载rJava或任何依赖于rJava，它似乎有效(或者至少我没有收到任何错误消息)。

我尝试过许多不同的修复尝试，其中一些尝试过几次，但不太记得我按照什么顺序做了什么(我没有意识到这将是一个烂摊子，也没有真正地跟踪)，但下面是它的要点：

• 在我的.bash_profile(按这个答案):

  导出JAVA_HOME=“/usr/libexec/java_home-v1.8”
  导出LD_Library_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server

• 从命令行重新配置java，如下所示：

  Sudo R CMD javareconf-n

• 查证options("java.home")发现这个被设置为NULL..我尝试将其设置为这个问题):

  options(“java.home”=“/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre”)

• 安装了最新的Java开发工具包并重新安装rJava从源头(不记得我在哪里找到的那个)。

在尝试所有这些的时候，我能够加载rJava没有崩溃的R，而是得到了上面的错误信息。此外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出一条“RStudio意外退出”消息，表明程序在试图关闭时已经崩溃。

我终于决定安装Java for OS X 2014-001(Java 6)，因为我似乎已经没有选择了。现在，当我打开R或RStudio时，“这个软件需要Java 6”弹出消息就不再出现了。但是，我还是得到了.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'上面张贴的错误信息。

在回顾一些我已经看过的帖子时，我注意到另一个如此回答这是我以前忽略的，它建议使用以下命令行代码打开RStudio，这些命令行代码为RStudio提供了正确的Java路径：

LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server：OPEN-一个RStudio

它打开了一个RStudio窗口，我还能够加载rJava以及依赖于它的包，而不产生错误。

最后，我尝试从命令行运行R(这是我以前没有做过的)。结果是在命令行中加载rJava或任何依赖于rJava工作，并且不会抛出任何错误。

所以，我现在可以rJava如果我使用为RStudio提供java路径的代码从命令行打开RStudio，则可以正常工作(如上所述)。但是，我想找到一种方法来解决根本的问题，不管它是什么，这样就可以通常的Mac方式打开RStudio，而不需要命令行杂念。我还担心安装旧版本的Java可能会造成问题。

有没有人知道如何诊断和解决这个问题？

Answer 1

我有同样的问题，经历了和你一样的步骤。允许通过Finder/Spotlight启动RStudio的最后一步是将libjvm.dylib链接到/usr/local/lib：sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib-f添加标志以强制覆盖现有文件/链接。

Answer 2

在OSXElCapitan 10.11上，用户没有写入/usr/lib的权限。因此，可以使用以下命令：sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib