php-cgi调用外部程序超时，但php在命令行模式下能完整运行外部程序

Question

运行环境为Ubuntu14.04
php脚本
set_time_limit(0);
exec("cat/var/www/result.R|R--vanilla",$text);
?>
无论用Apache还是nginx都会在R语言运行一半时终止运行（在需要等待运行3~5秒时的步骤停止）
但用php在命令行模式
php-fresult.php
却能完整运行。
请问是否能通过修改php配置，解决这个问题