idea和myeclipse编译出来的web项目有区别吗

Question

接手一个老项目，其中一个功能是接受TCP请求，解析参数并存入数据库
项目之前使用MyEclipse10写的，我因个人习惯使用了idea
项目完成后接入大网络进行测试，解析功能十分的慢，延时将近1分钟
我把项目代码拷给别人用MyEclipse2014重新编译了一下
延迟就不存在了这是为什么？
项目在原有基础上更新的，就是直接把web-inf下的class文件直接替换，
idea配置Artifacts为Web Application:exploded，在out目录下找classes
myeclipse就是去自带的tomcat>webapp里扒classes出来
这里难不成有什么问题？
我用BCompare对比了两个ide编译的.class文件，都是完全相同的