JavaEE的问题？

使用的是一键开发环境搭建包，已经启动了服务器和数据库，从慕课网下载了一个老师的实例布置在本地，放在根目录后无法访问，提示找不到类，在myeclipse中点击了运行方式-》配制好的服务器后就能正常访问，想问下在IDE中操作的起什么作用，编译.java文件为.class文件吗？