如何使用 Rpy2 更改全局选项

Question

要解决R中的“java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”问题，您需要更改全局选项，如下所示：

 options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))

如果我在python中使用rpy2怎么办。我尝试了以下每个命令

from rpy2.robjects import *

from rpy2.robjects.packages import importr

rbase=importr('base')

from rpy2.robjects.functions import SignatureTranslatedFunction

rbase.options = SignatureTranslatedFunction(rbase.options,

                                             init_prm_translate={'java_parameters': rbase.c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m")})

rbase.options(java_parameters = StrVector(rbase.c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m")))

rbase.options(java_parameters = rbase.c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))

但是它们没有效果。

任何建议将不胜感激。

Answer 1

当您打算实现以下目标时，可能不会执行以下操作：rbase.options = SignatureTranslatedFunction(    rbase.options,    init_prm_translate={        'java_parameters': rbase.c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m")    })命名参数init_prm_translate可用于可选地重命名参数名称，这样做的主要原因是在 R 中，类似foo.bar的名称在语法上是有效的，但它们不是 Python。有一个默认的简单名称翻译规则可以替换.with_但 R 可以具有同时带有foo.bar和foo_bar参数的函数，在这种情况下，手动命名规则可能会很方便。例如：import rpy2.robjects as rof = ro.r('function(x=1, y=2) {x}')f(x=3)  # returns [3]# translate the named parameter 'x' to 'foo'f_t = ro.functions.SignatureTranslatedFunction(    f, init_prm_translate={'foo': 'x'})f_t(foo=3)  # returns [3] 

Answer 2

@lgautier，通过添加setenv _JAVA_OPTIONS "-Xmx2g"到 ~/.cshrc 解决了我的问题。