内存分配“错误：无法分配大小为75.1 Mb的向量”

Question

在向量化一些仿真代码的过程中，我遇到了内存问题。我正在Windows XP下使用32位R版本2.15.0（通过RStudio版本0.96.122）。我的机器有3.46 GB的RAM。

> sessionInfo()

R version 2.15.0 (2012-03-30)

Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:

[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252   

[3] LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 LC_NUMERIC=C                           

[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252    

attached base packages:

[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:

[1] Matrix_1.0-6   lattice_0.20-6 MASS_7.3-18   

loaded via a namespace (and not attached):

[1] grid_2.15.0  tools_2.15.0

这是问题的最小示例：

> memory.limit(3000)

[1] 3000

> rm(list = ls())

> gc()

          used (Mb) gc trigger  (Mb)  max used   (Mb)

Ncells 1069761 28.6    1710298  45.7   1710298   45.7

Vcells  901466  6.9   21692001 165.5 173386187 1322.9

> N <- 894993

> library(MASS)

> sims <- mvrnorm(n = N, mu = rep(0, 11), Sigma = diag(nrow = 11))

> sims <- mvrnorm(n = N + 1, mu = rep(0, 11), Sigma = diag(nrow = 11))

Error: cannot allocate vector of size 75.1 Mb

（在我的应用程序中，协方差矩阵Sigma不是对角线，但是无论哪种方式，我都会得到相同的误差。）

我花了整个下午阅读有关R中的内存分配问题的信息（包括here，here和here）。从我读过的书中，我得到的印象是，这与RAM本身无关，而与连续地址空间有关。不过，对我来说75.1Mb似乎很小。

如果您有任何想法或建议，我将不胜感激。

r 内存管理

Answer 1

使用栅格数据包时，我也有同样的警告。> my_mask[my_mask[] != 1] <- NAError: cannot allocate vector of size 5.4 Gb该解决方案非常简单，包括增加R的存储容量，此处为代码行：##To know the current storage capacity> memory.limit()[1] 8103## To increase the storage capacity> memory.limit(size=56000)[1] 56000&nbsp; &nbsp;&nbsp;## I did this to increase my storage capacity to 7GB希望这将帮助您解决问题