为什么用MLR估计和bootstrap结果不一样，同样的数据！?

Question

为什么用MLR估计和bootstrap结果不一样，同样的数据！

Answer 1

很正常的，特别是当一些分枝之间的遗传距离很相近，没办法确定分枝之间的进化关系。我不知道你清不清楚bootstrap的算法。如果你用的是序列的话，简单的讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树