<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title> new document </title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gbk"/>
<script type="text/javascript">
function openwindow()
{
window.open('http://www.imooc.com/','null','width=400,height=500,menubar=no,toolbar=no')
}
var mymessage=confirm("是否打开新窗口?");
if(mymessage==true)
{
openwindow()
}
else
{
document.write("您取消了操作");
}
// 新窗口打开时弹出确认框，是否打开
// 通过输入对话框，确定打开的网址，默认为 http：//www.imooc.com/
//打开的窗口要求，宽400像素，高500像素，无菜单栏、无工具栏。
</script>
</head>
<body>
<input type="button" value="新窗口打开网站" onclick="openWindow()" />
</body>
</html>第一次提交后自己弹出的提示框，点完确认后闪一下就关了，第二次去点按钮点击确认完才开的网页？
首先，HTML语句是顺序执行的。你先写了完整的openwindow函数，中间if内又引用了openwindow()，所以点提交后，还没有点”新窗口打开网站“按钮就直接自动跳转到提示框，使最后的onclick="openWindow()" 语句没来得及执行。
其次，至于你说的：第一次提交后自己弹出的提示框，点完确认后闪一下就关了，第二次去点按钮点击确认完才开的网页？
我测试结果是：第一次提交并确认后能正常打开新窗口，如果不把新窗口关闭就直接第二次提交并确认，是不会再打开另一个新窗口的，关闭第一个窗口后才会打开第二个。
你先定义了完整的函数，if内的就只能改成window.open(.....)才不会调用函数，但是这样一来你的代码就完全乱了，函数的定义就显得有点鸡肋。按照你的思路，我能力有限，想不到怎么改。
下面是我写的一个代码例子，你可以看一下。我的思路是将所有的语句都包括在openwindow()函数内，即<script>到</script>内的内容都是函数的定义，最后的再用onclick="openWindow()引用函数就行了。
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>openwindow</title>
<script type="text/javascript">
function openwindow(){
var open=confirm("确定要打开新窗口吗？") ;
if(open==true)
{
var net;
net=prompt("请输入你想打开的网址：",) ;
//括号里面的逗号不能少，不然输入的网址不能正常赋值给net。可以输入任意你想访问的网址
//逗号后加"http://www.imooc.com/"的话，就会默认要打开的新窗口是http://www.imooc.com
if(net!=null)
{
window.open(net,'_blank','width=400,heigh=500,menubar=no,toolbar=no');
//window.open()内的net不用单引号括起来
}
else
{
//可考虑用正则表达式判断网址是否正确
alert("你输入的网址错误");
}
}
else
{
window.close();
}
}
</script>
</head>
<body>
<input name="button" type="button" onClick="openwindow()" value="点击我，打开新窗口" />
</body>
</html>