xml文件的扫描和dao的扫描问题

一个项目是有很多模块组成的，各个模块有各自不同的xml和dao文件，按照以前的习惯，是要将互相对应的xml和dao放在一起，这样方便查找，可是如果按照现在这种配置方法，岂不是要将所有的xml放一个文件夹中，将所有的dao接口放在一个包中，感觉这样大杂烩很乱的，项目大的话，一个文件夹下面的东西太多太多了！

还有就是这竟然没有包的概念的，一个项目中dao不能有重名，这严重破坏了java包的概念啊！