手记

Qiime1-4.准备参数文件

由于在我们使用qiime1进行分析的过程中会使用到一些包含了多个脚本的命令,为了更改不同脚本的参数,我们会使用参数文件(Parameters file),包括更改统计方法,绘图时某一组的颜色等等。

例子

针对一些步骤,我们不想使用默认参数,所以我们需要生成一个参数文件修改参数。下面的代码会生成一个16S_pickotu_param.txt的参数文件。

## This will output a text file to whichever your directory you're currently working in## so be sure you know where you are saving the file!# Enable reverse strand matching for uclust so that it double checks both sequence possibilities.echo "pick_otus:enable_rev_strand_match True" >> 16S_pickotu_param.txt# Change to program to RDP for assigning taxnomy of the OTU's instead of uclust echo "assign_taxonomy:assignment_method rdp" >> 16S_pickotu_param.txt# Change to confidence to 0.5 in the RDP classiferecho "assign_taxonomy:confidence 0.5" >> 16S_pickotu_param.txt

最后的txt文件如下:

具体的格式:
涉及的脚本名称+:+参数全称+空格+具体参数
assign_taxonomy:assignment_method rdp为例
可以在qiime1的官网上搜索到assign_taxonomy.py的具体参数(http://qiime.org/scripts/assign_taxonomy.html

assign_taxonomy.py

-m, --assignment_method
Taxon assignment method, must be one of rdp, blast, rtax, mothur, uclust, sortmerna [default: uclust]

发现其中有一个参数时设置分类器,默认的事uclust,我们想使用rdp分类器。那就可以在参数文件中输入这个脚本的名称,然后加上冒号,接着输入这个参数的全称+空格+rdp。



作者:jlyq617
链接:https://www.jianshu.com/p/d839d68c5867


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