手记

016-主成分分析PCA-可视化

PCA是最简单的以特征量分析多元统计分布的方法。通常情况下,这种运算可以被看作是揭露数据的内部结构,从而更好的解释数据的变量的方法。如果一个多元数据集能够在一个高维数据空间坐标系中被显现出来,那么PCA就能够提供一幅比较低维度的图像,这幅图像即为在讯息最多的点上原对象的一个‘投影’。这样就可以利用少量的主成分使得数据的维度降低了。我们可以通过PCA找出离群样品、判别相似性高的样品簇等。

在线PCA分析工具:http://qplot.cn/apps/016-princomp
居于R语言prcomp计算值 ggpot2可视化。

image.png


使用说明

1.导入数据

从excel复制粘贴到输入数据框(列为样本),也可以提供样本的分组信息(行为样本,列为分组名)。右侧可以看到默认分析结果


数据导入.png

2.参数设置

显示loading,分组样本加上圈,字体大小设置。


image.png

3.样式设置

修改样式,配色,及其他细节。下载矢量图。


样式设置

4.分析结果 可视化

每个轴的解释度。




作者:quan575
链接:https://www.jianshu.com/p/439b0441ccbd


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