1.Java Web项目是基于Java EE类的；而Java项目是基于Java应用程序的。
2.Java项目主要面向桌面程序的应用，主要是awt、swing这类的编码，不包括JSP等前台页面的代码，大部分是CS架构的工程和一些jar包。
JavaWeb项目是BS架构的系统，是网页的编码，像Jsp、Servlet、Struts这类的， JavaWeb项目部署到服务器上，任何用户都可以通过浏览器来访问。
3.JavaWeb项目中的Java文件是tomcat服务器来触发的，脱离了web服务器就无法启动。而Java项目是由main()方法来开始的，直接依赖JVM就能被编译执行。
4.Java Web项目需要服务器；而Java项目不需要服务器。
5.在eclipse中Java Web项目可以转换为Java项目，进而可以转回到Java Web项目。
6.Java项目多数应用请求响应通过按钮的事件驱动来发起(Web项目也有)。JavaWeb项目衍生了很多框架应用。多数请求响应应用超链接URL来发起(Java项目也有)。
7.如果说Java项目代码多半在本地，Web项目的代码基本是在远程服务端。当你是Web应用时，比如要建个网站，需要发布到服务器时，应为JavaWeb项目。当你做分布式系统时，也就是你做的只是一个服务，对外发布也只是一个服务的时候，需要建立Web Services Project(不理解可以先研究下webservices)。当你仅仅是需要JDK来运行一些本地代码的时候，只需要建Java Project就可以了。
Java Project和Web Project其实都是Java语言的应用，只是应用场合不同罢了，那么他们的本质到底是什么？编译后路径！虚拟机执行的是class文件而不是Java文件，而我们不论哪种项目都是写的Java文件，怎么就分成Java项目和JavaWeb项目了呢？
.classpath文件，这个文件在每个项目目录下都是存在的。这里展示一个web项目的.classpath文件，xml代码：
1. <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2. <classpath>
3. <classpathentry kind="src" path="src"/>
4. <classpathentry kind="src" path="resources"/>
5. <classpathentry kind="src" path="test"/>
6. <classpathentry kind="uu" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/>
7. <classpathentry kind="lib" path="lib/servlet-api.jar"/>
8. <classpathentry kind="lib" path="webapp/WEB-INF/lib/struts2-core-2.1.8.1.jar"/>
9. ……
10. <classpathentry kind="output" path="webapp/WEB-INF/classes"/>
11. </classpath>
xml文档包含一个根元素，就是classpath类路径。子元素是classpathentry，kind属性区别了种类信息，src源码，uu看后面的path就知道是JRE容器的信息。lib是项目依赖的第三方类库，output是src编译后的位置。
既然是web项目，那么就是WEB-INF/classes目录。MyEclipse的是WebRoot或者是WebContext而不是webapp，这其实没有区别。
看懂了编译路径的本质，就不用区分Java项目和web项目了。普通的Java 项目你这样写就行了：，看看Eclipse是不是这样生成的？问题迎刃而解。
Web项目是要发布到服务器上的，服务器读取的是类文件和页面文件，它不管源文件，它也无法去理解源文件。所以webapp目录的命名如何没有关系，只要让服务器找到就行了。