手记

sam或者bam文件flag数值对应解释

1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序

2: 代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失

4: 代表这个序列没有mapping到参考序列上

8: 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上

16:代表这个序列比对到参考序列的负链上

32 :代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上

64 : 代表这个序列是R1端序列, read1;

128 : 代表这个序列是R2端序列,read2;

256: 代表这个序列不是主要的比对,一条序列可能比对到参考序列的多个位置,只有一个是首要的比对位置,其他都是次要的

512: 代表这个序列在QC时失败了,被过滤不掉了(# 这个标签不常用)1024: 代表这个序列是PCR重复序列(#这个标签不常用)2048: 代表这个序列是补充的比对(#这个标签具体什么意思,没搞清楚,但是不常用)



作者:二货潜
链接:https://www.jianshu.com/p/f67702926928


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