一共有三种生成OTU的方法（De novo,Closed-reference,Open-reference），我们通常使用open-reference OTU picking的方法。
De novo OTU picking
De novo选取OTU的方法顾名思义，就是没有任何参考序列进行聚类生成OTU。
优点：所有的reads都可以被聚类
缺点：速度慢
pick_de_novo_otus.py \-i seq.fna \-o pick_otus \
Closed-reference OTU picking
Closed-reference选取OTU的方法是将reads聚类后与参考序列比对，与参考序列无法匹配的reads将被剔除。
优点：速度快；可以建立更好的树和分类
缺点：无法发现新的OTU
pick_closed_reference_otus.py \ -i seq.fna \-r refseqs.fna \-o pick_otus
Open-reference OTU picking
Open-reference选取OTU的方法是先将reads聚类后与参考序列比对，然后未匹配上的序列进行de novo聚类。
优点：所有的序列都被聚类；速度比de novo快
缺点：如果数据大部分都无法匹配到参考序列，则速度仍比较慢。
参数文件16S_pickotu_param.txt内容：
pick_otus:enable_rev_strand_match True
assign_taxonomy:assignment_method rdp
assign_taxonomy:confidence 0.5
pick_open_reference_otus.py \-i seq.fna \-o pick_otus \-p 16S_pickotu_param.txt \
其他的参数，大家可以使用-h查看。根据需求修改。
生成文件
最后会生成一个log文件详细记录命令的子程序脚本。可以查看、记录具体使用了哪些参数和命令。
后续进行下游分析的文件为
OTU Table(
pick_otus/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom)Phylogenetic Tree (
pick_otus/rep_set.tre)Representative Sequences (
pick_otus/rep_set.fna)
RDP步骤报错
如果没有安装RDP分类器会出现下述报错：Error in assign_taxonomy.py: RDP classifier is not installed or not accessible to QIIME. See install instructions here: http://qiime.org/install/install.html#rdp-install
打开提示的网站http://qiime.org/install/install.html#rdp-install
点击next下一页（http://qiime.org/install/alternative.html）会出现RDP安装的教程。
首先下载RDP分类器：https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/files/rdp-classifier/rdp_classifier_2.2.zip/download
RDP
解压缩后放到合适的位置。
解压后文件夹内文件
然后根据自己放置的位置添加路径。
echo "export RDP_JAR_PATH=$HOME/rdp_classifier_2.2/rdp_classifier-2.2.jar" >> $HOME/.bashrcsource $HOME/.bashrc
再执行的时候就不会报错啦。
作者：jlyq617
链接：https://www.jianshu.com/p/ccfc4707107c
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