【目录】PANDA姐的微生物比较基因组实战

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  • TABLE 1

    

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  • FIGURE1

    

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  • TABLE2

    

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  • FIGURE2

    

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  • FIGURE3

    

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  • FIGURE4

    

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  • TABLE3

    

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  • FIGURE5

    

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软件安装

以下软件均是本实战中要用到的软件：

• ncbi-genome-download

• blast套件

• OrthoMCL

• MEGA

• JSpecies

• Clustal

• Gblock

• PHYLIP

• cvtree

• ISFinder

• IslandViewer

• CRISPRFinder

• eggNOG-mapper

下载数据

可以借用ncbi-genome-download软件来帮助数据下载：

• 从https://github.com/shenmengyuan/Novo_comparison/tree/master/Datasets上下载22株细菌的基因组和蛋白序列数据

• 从NCBI上下载以上22株细菌的gff/CDS/rna文件(*_genomic.gff.gz/*_cds_from_genomic.fna.gz/*_rna_from_genomic.fna.gz)

识别同源蛋白

使用OrthoMCL软件对22株细菌的蛋白序列进行聚类，进行统计分析，得到的核心同源基因用于核心基因进化树的构建。

进化分析

这里主要采用了三种方法进行构建进化树：

• 使用MEGA构建16S rRNA基因进化树

• 使用Clustal分别对核心进行比对再使用Gblock修剪后，将所有比对完整的核心序列拼接到一起，最后使用MEGA构建核心基因进化树

• 使用JSpecies计算ANI值，用R绘制热图进行可视化

• 使用cvtree和PHYLIP直接使用22株细菌的基因组构建全基因组进化树，并且写抽样程序计算bootstrap值

插入序列、基因组岛、CRISPR片段分析

对基因组的元件进行鉴定分析：

• 使用ISFinder识别插入序列

• 使用IslandViewer识别基因组岛

• 使用CRISPRFinder识别CRISPR片段

功能代谢分析与比较

• COG
  使用eggNOG-mapper对22株细菌进行COG注释后，编写代码进行统计每个COG类的基因数，并用R绘制热图

• KEGG
  使用BlastKOALA和eggNOG-mapper的kegg注释结果，统计比较分析，借助KEGG Mapper工具进行可视化,使用AI绘制22株细菌共有的代谢通路图

比较微囊藻毒素降解基因簇

筛选处微囊毒素降解基因簇使用blastN进行对每个基因进行比对后，使用AI绘制基因簇对比图

github项目上传

一般文章发表需要将可重复的代码和使用的数据进行共享，学会将自己的项目上传至github

作者：沈梦圆1993
链接：https://www.jianshu.com/p/d6ee8800546f