循环遍历R中目录中的所有文件,应用多个命令

我需要将R中的一组命令应用于目录中的所有单个.txt文件(大约300个)。


我对R不太熟悉,因此我在线上看到的有关循环的所有帮助都很令人困惑,或者当您需要对每个文件应用多个命令时,我无法弄清楚如何应用循环。


我需要应用到目录中每个文件(系统树)的命令是(使用R的ape库):


testtree <- read.tree("tree123.txt")

unrooted_tr <- unroot(testtree)

write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")

如何应用将这些命令应用于每个单独的.txt文件的循环(使用R或在Unix命令行中)?输出(例如unrootedtree123.txt)将需要为每个单独的文件使用不同的名称。


预先感谢,丹妮。


梦里花落0921
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1回答

智慧大石

您可以获取所有文件,然后循环使用lapply并应用您想要应用的任何功能,如下所示:files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)lapply(files, function(x) {&nbsp; &nbsp; t <- read.table(x, header=TRUE) # load file&nbsp; &nbsp; # apply function&nbsp; &nbsp; out <- function(t)&nbsp; &nbsp; # write to file&nbsp; &nbsp; write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)})
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